Não bastasse a preocupação a longo prazo com a venda de lotes regularizados da reforma agrária, o Incra vive às voltas com outro problema mais imediato: a venda irregular. De acordo com denúncias do Ministério Público Federal, essa tem sido uma razão decisiva da reconcentração de terras. Em 2010, procuradores federais de Marabá, no Pará, foram à Justiça contra o Incra, acusado de não combater a venda ilegal de lotes. Segundo a ação, mais de 15 mil lotes foram negociados de forma irregular naquela região da Amazônia.

O Incra também tem procurado reagir. No ano passado a autarquia entrou com 550 ações na Justiça para retomar lotes da reforma agrária que foram negociados de forma irregular em Mato Grosso do Sul. Estima-se que cerca de 10% dos 30 mil lotes da reforma no Estado são ocupados de forma irregular.