As pesquisas de melhoramento genético desenvolvidas pelo Consórcio Pesquisa Café têm nos Bancos de Germoplasma (BAGs) sua principal fonte de matéria-prima. Os BAGs guardam e preservam uma extensa coleção de recursos genéticos utilizados nas pesquisas de melhoramento e na biotecnologia para obtenção de cultivares cada vez mais adaptadas e produtivas. O Instituto Agronômico de Campinas (IAC), instituição do Consórcio, mantém o maior e mais antigo Banco de Germoplasma de café do País, com 5.451 registros.

Com essa diversidade, o BAG do Instituto Agronômico contribui para significativos resultados na pesquisa cafeeira há 80 anos. Entre pesquisas que contam com a participação do Consórcio está o estudo para obtenção de cultivar resistente ao bicho-mineiro. A pesquisa é desenvolvida pela Fundação Procafé, pelo Instituto Agronômico do Paraná (Iapar) e pelo IAC.

A nova cultivar IAC 045125 de café naturalmente sem cafeína, protegida pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa) em 2011, foi desenvolvida por pesquisa do IAC com parceria da Embrapa Café, ainda está em pesquisa. A cultivar foi obtida a partir de um gene conservado no BAG retirado de uma planta originária da Etiópia. O acesso foi introduzido no BAG do IAC vindo de um centro de pesquisa da Organização das Nações Unidas para Agricultura e Alimentação (FAO) na Costa Rica. As pesquisas de melhoramento envolvem um trabalho de décadas, que tem início com a seleção de genótipos feita entre os acessos do BAG.

O trabalho de caracterização morfológica, agronômica, química e molecular feito com os materiais genéticos mantidos nos Bancos de Germoplasma é contínuo. Esta etapa é importante para a definição e a seleção dos materiais mais resistentes, com melhor produtividade e demais características consideradas necessárias de acordo com cada pesquisa. Um trabalho de longo prazo, avançando de geração em geração de plantas resultantes dos cruzamentos, mas que permite chegar a resultados efetivos, com precisão quanta à cultivar de café desejada.

As duas cultivares mais utilizadas nas lavouras cafeeiras do Brasil, a Mundo Novo e a Catuaí são resultados de pesquisas de melhoramento conduzidas pelo Instituto Agronômico a partir de seu Banco de Germoplasma. Elas são plantadas em cerca de 80% das lavouras de café atualmente.